โรงเรียนสวรรค์อนันต์วิทยา บริหารงานภายใต้การกำกับของผู้อำนวยการโรงเรียน โดยแบ่งโครงสร้างการบริหารออกเป็น 5 กลุ่มงานหลัก เพื่อให้การดำเนินงานเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ
- กลุ่มบริหารวิชาการ — หลักสูตร การเรียนการสอน วัดผลประเมินผล
- กลุ่มบริหารงานบุคคล — พัฒนาครูและบุคลากร
- กลุ่มบริหารงบประมาณ — การเงิน พัสดุ สินทรัพย์
- กลุ่มบริหารทั่วไป — อาคารสถานที่ ธุรการ
- กลุ่มบริหารงานประชาสัมพันธ์และสื่อสารองค์กร — มีหน้าที่หลักในการวางแผน, สร้างภาพลักษณ์ที่ดี, และเผยแพร่ข้อมูลข่าวสาร ทั้งภายในและภายนอกองค์กร เพื่อให้ทุกคนเข้าใจตรงกัน และเชื่อมั่นในองค์กร
การบริหารยึดหลักธรรมาภิบาล โปร่งใส ตรวจสอบได้ และเปิดโอกาสให้ทุกภาคส่วนมีส่วนร่วม